В 1989 году после окончания аспирантуры А. М. Лапотко защитил диссертацию на тему «Использование семян рапса и продуктов его переработки в кормлении молодняка крупного рогатого скота», ему была присвоена учёная степень кандидата сельскохозяйственных наук.

На данный момент автором опубликовано более 170 научных и 50 научно-популярных трудов, в том числе два учебных пособия («Физиология пищеварения и кормление крупного рогатого скота» и «Энергоресурсосбережение в сельском хозяйстве»), «Энциклопедия хозяина подворья», «Технологическое сопровождение животноводства: новые технологии», пять книг по кормлению дойного стада и энергосбережению в животноводстве. Подготовлены и утверждены научно-техническим советом Министерства сельского хозяйства и продовольствия Республики Беларусь методические рекомендации по оценке энергетических затрат в животноводстве.

А. М. Лапотко имеет 38 авторских патентов СССР и Республики Беларусь на изобретения, а также охранные документы на разработанную электронную программу оптимизации кормления дойного стада.

За время преподавательской работы в Белорусском государственном аграрном техническом университете был научным руководителем у 14 студентов-выпускников.

Активно занимается обучением специалистов в сфере животноводства управлению технологиями производства молока в регионах Российской Федерации. Имеющийся научный опыт и знания А. М. Лапотко регулярно пополняет благодаря зарубежным стажировкам. Он был в ведущих научных учреждениях мира: Научно-исследовательский центр питания Оскара Кельнера, Научно- исследовательский институт биологии сельскохозяйственных животных им. Курта Неринга (Росток, Германия); университет штата Висконсин (США); Падуанский и Болонский аграрные университеты (Италия); Научно- исследовательский центр молочного производства Мупарк (Фермой, графство Корк, Ирландия).

Автор неоднократно выступал с лекциями и проводил семинары на международных форумах в области молочного скотоводства в Австрии, Латвии, Литве, России.